马新高铁计划的营运模式，基本上由资产公司、营运公司及基建公司3个个体同步进行，即2家基建公司（马新政府各一家）、1家资产公司及2家营运公司（各负责本地班次及国际班次）。努依斯迈说，资产公司负责购买与融资高铁列车、铁道及网络等；营运公司向资产公司租用高铁列车，并负责高铁的营运及售票；2家分属马新两国的基建公司则负责整个马新高铁的基础设施，及马新境内的高铁站设计、兴建、融资与保养。
马来西亚高铁机构即马方的基建公司，新方的基建公司则是新加坡陆路交通管理局。资产公司的25年营运资金，将来自它在25年内基建公司及营运公司获得的收入，包括出租列车予营运公司的租金收入以及高铁售票的部分收入等。
马新两国参考了欧洲方面的经营模式，在马新高铁计划上，将资产和经营企业区分开来，在高铁基建、资产拥有者及营运公司方面更为细分，可说是全球创新的模式。努依斯迈表示，整个马新高铁工程分为3个阶段。目前正进行的是设计阶段，预计两年内完成，2019年将开始建筑工作，最终则是在正式营业前进行装置内外的测试。
马总理府部长阿都拉曼达兰说，对于第一阶段的设计工作，目前共有6家国内外公司受委。最近马新两国刚委任的联合发展伙伴由本地和外国企业组成。马高铁机构在竞标土建工作方面，将会依据政府政策，更关注本地企业，包括国内的中小企业，让他们能从高铁计划中受惠。相信在高铁建造过程中，将为涉及这些领域的本地企业提供许多机会。
